Die Stadt Bernburg blickt auf eine mehr als tausendjährige bewegte Geschichte zurück, das Klinikum auf über hundert bewegte Jahre: 2015 wurde das 120-jährige Jubiläum des ehemaligen Kreiskrankenhauses am heutigen Standort begangen.
Die Geschichte der klinisch-stationären Patientenversorgung hatte jedoch in Bernburg bereits im Jahre 1852 begonnen. Das seinerzeit gebaute Sankt-Johannis-Krankenhaus erfüllte bis ins letzte Jahrzehnt des 19. Jahrhunderts seinen Zweck, konnte dann aber den gestiegenen ärztlichen und hygienischen Ansprüchen nicht mehr genügen.
Am 23. Januar 1890 beschloss der Kreistag von Bernburg den Bau eines neuen Krankenhauses am heutigen Standort an der Kustrenaer Straße.
Am 1. Mai 1895 wurde das Kreiskrankenhaus Bernburg mit 250 Betten offiziell eröffnet. Sein erster ärztlicher Leiter war der Geheime Sanitätsrat Dr. Richard Hagemann (1850- 1922), der bereits während der Bauzeit als Berater tätig war.
Die weitere Geschichte war wechselhaft. 1936 ging die Verwaltung des Kreiskrankenhauses an einen Zweckverband. Nach dem zweiten Weltkrieg hatte sich die Bettenzahl bis auf 530 erhöht. 1961 standen für die medizinische Betreuung 779 Betten zur Verfügung. Nach der politischen Wende erfolgte 1991 die Aufnahme des Kreiskrankenhauses Bernburg als Einrichtung der Regelversorgung mit 546 Betten in den Krankenhausplan des Landes Sachsen-Anhalt. 1992 kam die Anerkennung als Akademisches Lehrkrankenhaus der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg dazu. Am 3. Juni 1994 erfolgte mit dem ersten Spatenstich der Start zum Klinikumsneubau. 1994 erhielt das Kreiskrankenhaus den Namen„ Klinikum Bernburg“.
Seit Mitte der 1990er Jahre wurden erhebliche Mittel in die umfassende Erneuerung des Klinikums investiert. Nachdem im Jahr 1998 der Bauabschnitt 1a in Betrieb genommen wurde, schloss sich 2002 Bauabschnitt 1b mit der Sanierung und Modernisierung des historischen Haupthauses an.
Mit der Fertigstellung des Bauabschnittes 2 im Jahre 2005 wurde schließlich die umfangreichste Erneuerung seit Eröffnung des Klinikums am 1. Mai 1895 abgeschlossen. Nicht nur, dass sich nun alle Kliniken und Abteilungen unter einem Dach befinden. Vielmehr ist die Neustrukturierung sowohl des baulichen Ensembles als auch der medizinischen Abläufe und des gesamten Klinikbetriebes auf modernstem und wirtschaftlich effizientem Stand. Auch wenn mit Abschluss des 2. Bauabschnittes die Zielplanung erreicht wurde, wurde weiterhin kontinuierlich daran gearbeitet, das Klinikum Bernburg als leistungsfähigen Gesundheitsversorger zu positionieren. So entstand in den Jahren 2008/2009 beispielsweise auf dem Dach direkt über dem OP-Trakt ein moderner Hubschrauberdachlandeplatz, welcher zur 115-Jahr-Feier am 1. Mai 2010 eingeweiht wurde.
Am 26.03.2012 erfolgte die Übernahme durch die AMEOS Gruppe.